Microbiote : quel est son rôle ?

Qu'est-ce que le microbiote ?

Le microbiote, c'est l'ensemble des micro-organismes (notamment des bactéries, mais aussi des virus, des champignons, des acariens...) qui vivent avec nous, à la surface de notre corps mais également "à l'intérieur", par exemple dans notre intestin (ce n'est pas vraiment l'intérieur de notre corps car, rappelons-le, le tube digestif est comme un tunnel creux ouvert à ses deux extrémités : l'intérieur de ce tube ne fait donc pas partie de notre milieu intérieur).

On distingue le microbiote intestinal, le microbiote vaginal, le microbiote buccal (et plus largement, celui de la sphère ORL : bouche, nez, oreilles), le microbiote pulmonaire et le microbiote cutané. Nous vivons en symbiose avec notre microbiote, c'est-à-dire qu'entre notre microbiote et nous, c'est "à la vie, à la mort" : nous ne pouvons pas vivre l'un sans l'autre et chacun -être humain, micro-organisme- apporte à l'autre des avantages.

C'est le microbiote intestinal qui compte, et de loin, le plus d'"habitants" : nos intestins abritent un milliard de milliards de bactéries appartenant à plus de 1000 espèces différentes. Si on les alignait toutes ces bactéries les unes à la suite des autres, il y aurait de quoi couvrir la distance de la Terre à la Lune (1) ! Le côlon est la portion la plus peuplée de notre tube digestif, mais l'estomac renferme aussi des bactéries (en moindres quantités, car le milieu y est acide et oxygéné, alors que la plupart des bactéries du microbiote sont anaérobies), ainsi que l'intestin grêle.

Comment se développe le microbiote ?

Le microbiote, qu'il soit cutané, intestinal, buccal, commence à s'établir au moment de la naissance : in utero, le foetus en est totalement dépourvu, étant donné qu'il se développe dans un environnement stérile, bien à l'abri dans le sac amniotique. C'est au moment de l'accouchement que les micro-organismes vont pouvoir coloniser la surface de l'organisme et l'intestin, comme si on ensemençait une terre vierge. Les accouchements par voie basse sont d'ailleurs beaucoup plus propices au développement d'une flore diversifiée et bénéfique que ceux par césarienne, car dans ce dernier cas, le bébé ne profite pas des germes utiles présents dans les voies génitales de sa mère. De même, les bébés allaités au sein bénéficient d'une flore plus riche, notamment grâce aux bactéries lactiques présentes sur la peau de leur mère, alors qu'on a longtemps eu tendance à stériliser systématiquement biberons et tétines (actuellement, l'avis des pédiatres et des allergologues a évolué sur la question).

Le microbiote évolue ensuite tout au long de la petite enfance, au fur et à mesure que l'enfant diversifie son alimentation et entre en contact avec les microorganismes présents dans son milieu de vie (objets, sol, animaux...).

Chacun de nous a un microbiote qui lui est spécifique, un peu comme les empreintes digitales : diversité des espèces de microorganismes présentes, proportion de chaque espèce... Par ailleurs, selon notre mode de vie (hygiène, habitudes alimentaires), la composition du microbiote est susceptible d'être modifiée à tout âge. On peut notamment enrichir ou stimuler le microbiote intestinal avec des probiotiques et des prébiotiques, et préserver son microbiote cutané en ne se lavant pas trop fréquemment au savon.

Rôle du microbiote intestinal : en quoi est-il bénéfique ?

Le microbiote intestinal (que l'on appelait encore il y a peu : flore intestinale) joue un rôle prépondérant pour notre santé, et il intervient à des niveaux parfois étonnants, encore mal connus.

Défenses immunitaires

Les "gentilles" bactéries de nos intestins ont tout d'abord un effet protecteur quasiment mécanique vis à vis des micro-organismes pathogènes : en occupant le terrain, elles empêchent les bactéries susceptibles de causer des maladies de se développer. Mais leur rôle anti infectieux ne s'arrête pas là : d'une part, elles sécrètent un mucus qui recouvre la paroi intestinale et crée une barrière contre les bactéries pathogènes qui ont ainsi plus de difficulté à passer dans notre système sanguin. D'autre part, elles interagissent avec notre système immunitaire et régulent nos défenses contre les virus et les "méchantes" bactéries. Cette interaction ne consiste pas qu'en une stimulation de nos lymphocytes et autres cellules immunitaires, elle est aussi équilibrante, comme le fait un chef d'orchestre avec ses musiciens : un microbiote intestinal varié et abondant réduit les phénomènes inflammatoires indésirables ou inappropriés (allergies, asthme, maladies auto-immunes, inflammation de l'intestin, etc).

Transit

Le microbiote agit aussi sur le transit, et permet de lutter contre la constipation mais aussi de réduire la durée et l'importance des épisodes de diarrhées.

Obésité

En outre, il a un rôle dans la prise ou la perte de poids : selon le nombre et la diversité des bactéries qui peuplent l'intestin, l'individu aura un poids normal ou au contraire une tendance à l'obésité, car ces bactéries nous aident à digérer des aliments que nous serions incapables de digérer nous-mêmes, notamment les glucides issus des végétaux (tout comme les animaux herbivores vivent en symbiose avec leurs propres bactéries intestinales, à qui ils fournissent de la nourriture, en échange de quoi ces petits hôtes dégradent la cellulose de l'herbe et des feuilles par exemple, qui peut ensuite être assimilée par l'animal).

Synthèse de vitamines et d'acides aminés

Le microbiote intestinal synthétise pour nous certaines vitamines, qui nous sont bien utiles (vitamine K, et certaines vitamines du groupe B) ainsi que 3 acides aminés essentiels, que notre organisme ne sait pas fabriquer et qui doivent donc être apportés par l'alimentation (valine, leucine, isoleucine). On peut donc dire qu'ils enrichissent nos apports alimentaires.

Le microbiote pourrait aussi avoir une influence sur notre humeur ou notre état de fatigue, mais également, en cas de déséquilibre, sur l'apparition de cancers, de maladies auto-immunes, de diabète... La recherche scientifique a du travail ! En attendant, faisons une place aux probiotiques dans notre alimentation...

Sources :

• L'incroyable pouvoir de votre microbiote, de Justin et Erica Sonnenburg, éditions J'ai Lu
• Site de l'Inserm : https://www.inserm.fr/dossier/microbiote-intestinal-flore-intestinale/